到了平安时代贵族阶级土地私有制逐渐居于统治地位,日本历史上把其称为庄园制度。贵族们的土地多以庄园为单位进行着剥削,一个庄园一般为原来的村落,土地以水田为主,其次也还附带有山林,池沼等。庄园的直接生产者为依附庄园的农民,他们以户为单位,耕种水田,共同使用山林水源。但必须向庄园主交纳三分之一收获量的谷物,此外还交纳日用必需品。有的庄园有劳役地租,即从庄园中直接划出一块直辖地,农民收获全部归庄园主所有,此外庄民们还需要负担修建,搬运,建筑,护卫庄园等劳役。当时一个封建主往往拥有着很多庄园,散布于各地,收取各种产品,供其享受。
庄园的管理者被称作庄司,由庄园主派遣,也有着很多小的庄园主把自己的庄园寄进给中央权贵,自己变成该庄园的庄司,直接控制该庄园。从公元九世纪起,很多有势力的大庄园获得了不输不入权,小贵族们见到这种情况更是纷纷寄近自己的庄园土地,以取得这种绝对强硬的特权。贵族大土地在当时形成了司法、行政各方面都拥有独立权利的地区,脱离了中央集权,导致了封建割据的产生。
公元十世纪至十一世纪初,藤原氏垄断政权,以庄园为其经济基础,势力在全国范围内最为强盛。但是,由于地方政治上的混乱衰弱,导致治安的混乱,武士集团逐渐的强大起来。到十一世纪末,为对抗藤原开始实行院政。于是,武士阶级从此进入了中央政界。
所谓的武士本来只是庄园主们为维护自己统治所蓄养的武装力量,但却逐渐发展成为以地方豪强为核心的军事封建贵族,这股新势力以掠夺为主,势力强大,同时由于他们的参与使土地国有制被破坏,皇室的势力日渐的没落,平安时期的大贵族藤原氏专擅朝政,随意废立天皇,统治阶级内部斗争,但却都必须依靠武士集团这样一支重要的军事力量,随着统治阶级日益斗争,武士的地位也日益重要起来。
随着武家势力的急速抬头,千年荣华不衰的藤原氏没落则是由于武士阶级闲的没的干于是关西平氏,关东源氏互相和公家那帮闲散人员抢钱抢地盘,有了自己的经济基础后又开始不老实。源平二氏初始同为朝廷栋梁,皇族血裔,共立朝廷,维护秩序的说。康和年间,恒武平氏之平正盛因源义亲之滥杀无辜起兵讨伐,灭之于因幡国内。平治元年平氏清盛公因藤原信赖与源义朝举兵反叛而起兵讨伐,诛之于京都之内。前九年,后三年之役,源氏之八幡太郎源义家举兵平叛,并一举奠定源氏一族在关东地区的基础与平氏同为朝廷所倚靠之栋梁之臣。 此时的武士已经完全的取代了之前的统治阶级开始进入到了争取中央权利的争斗中。
保元、平治之乱,源氏紧随藤原氏的没落衰败而同样开始逐渐衰弱,平氏之清盛公因之而掌权,进而独霸朝廷,立外孙为天皇,总揽朝纲,殿上诸臣,出入朝廷者,具为平氏之一族……可惜人生百变,世事反复无常,治承、养和年间,源氏重起,平氏衰亡;赖朝创首代之镰仓幕府,幕府把土地所有权重新颁赐给有功的武士们,武士分为御家人与非御家人两大类。他们占有土地,职位世袭(不是官位,而是幕府的职位),类似于欧洲的骑士制度。
将军派遣武士们去各地庄园成为该庄园的地头,负责警卫庄园,管理土地。并派遣武士往任各国的守护,统率这一国境内的全部武士。幕府掌握了全国的政权、财权以及兵权;其后源氏三代而亡,平氏一门幕府执权北条氏代之治理天下;北条氏九代而亡,天下纷争,清河源氏之下野国足利氏击败同为源氏嫡系的关东豪族上野新田义贞,执掌天下,开创足利幕府,但不论是镰仓幕府的执权北条氏还是之后开创足利幕府的足利尊氏在幕府的职制上几乎完全照搬之前镰仓幕府的制度,完全沿袭着先代的经验与体系。
此后日本的庄园制一直到了战国时期有些大名为了直接统一支配境内领民与土地而利用检地的机会把土地收归自己所直辖,逐步的消除了国司,庄园主,庄官,地头等多头统治阶级。之后的丰臣秀吉那著名的太阁大检地则更是在全国范围内进行检地,进一步的消除了日本庄园制的残余力量。其后德川江户幕府继承丰臣政权时期的土地制度,承认人数众多的直接生产者小农阶级,小农阶级以户为单位,由户主从幕府取得耕作的权利,他们的生活完全需要依靠土地,因为土地禁止买卖,转让或者分割作为它用。庄园等中间阶层对土地的占有完全被排除在外,村成为最低一级的地方基层单位,幕府或各藩大名派遣官员直接去往各村征收年贡。
作为日本最后一个幕府的德川江户幕府继承了自镰仓时代以来的尊崇武士的传统,参照中国封建社会的等级制度,划分出四种社会等级,武士为诸等级之首,占总人口十分之一。各等级之间禁止互相通婚,类似于印度的种姓制度。幕府极力宣扬武士的忠勇,《忠臣藏》的故事可说就是这么闹出来的。可惜闭关锁国的结果非但无法使日本强盛起来,也严重的阻碍了其出现资本主义萌芽的可能,终于最终被敲开了紧闭的国门。
可以看出,庄园经济在日本的全盛时期为平安朝末期与中世前期,尽管当时的这种经济以现在的眼光看起来非常落后、残忍,甚至反社会,但在当时特定的社会环境下庄园制是最符合生产力发展与适应当时社会局势的一种经济形式,庄园制在当时的外部环境下起着一种由下至上重新构建公共权力的过程。
欧洲自罗马帝国末期,离开城市的那些元老院贵族们来到乡间建起自己的居住所,并逐渐演变成最早一批的早期欧洲庄园的雏形,直到公元九至十世纪欧洲大陆上才开始出现真正意义上的庄园,而庄园经济对欧洲所造成的重大影响则还要再继续推迟一段时间;中世纪的庄园经济对欧洲大陆的发展影响颇为深远,法国作为庄园经济影响最深的国家之一,一直到十八世纪末才开始脱离这已经被作为封建主义最后余孽的庄园制经济;相比较起来,日本的庄园制经济起步比起欧洲大陆要稍早一些,但结束的也要比欧洲大陆早。庄园制对日本的影响极其深远,并不亚于欧洲诸国。